L’originaria raccolta comprende una serie di opere appartenenti al territorio leontino, per lo più provenienti da edifici di culto che per varie ragioni non ne consentono più la conservazione (in realtà, quasi tutte sono state distolte dai complessi d’appartenenza già da parecchi anni ).

Si tratta di opere concernenti l’Arte Sacra, destinati agli altari ad alle stanze dei conventi, spesso legati ad eventi particolari; tutte, comunque, profondamente connaturate ai luoghi di provenienza, così che il Museo vuole ambiziosamente, proporsi come specchio del territorio e immagine della storia e dei luoghi, della città e del suo contado.

La rilevanza storico-religiosa delle opere esposte nel museo determina il percorso espositivo che segue una successione cronologica. Dall’VIII al XVIII secolo, come in un piccolo manuale, la storia dell’arte si dipana nelle sale ad episodi che si leggono in maniera sinottica alla vista dei monumenti della città, che si apre dalle finestre del Palazzo Mediceo.

Il percorso segue l’impianto tipologico del piano nobile del Palazzo Mediceo, articolato in quattro grandi sale ai lati di un andito. L’andito è stato adibito a Lapidario e vi sono esposti frammenti scultorei scalati fra i termini cronologici dell’VIII-XIII secolo.